1、胃肠道细菌性食物中毒

(1）非细菌性食物中毒：包括化学食物中毒（误食被砷、汞和有机磷农药污染的食物引起的食物中毒）和生物食物中毒（误食毒菌）、食物中毒由毒鱼等引起）。患者有食用此类毒物的病史。除了急性肠胃炎的症状外，还有神经系统、肝、肾等器官的中毒症状。病史、临床表现及病原学检查鉴别。

(2）急性细菌性痢疾：患者无明显食用受污染食物史及短时间内食用相同食物的人群。发热，全身中毒症状较明显，腹泻为主脓、血、粘液、里急后重 明显。大便培养可见志贺氏菌生长，可通过病史和大便培养鉴别。

(3）霍乱：患者多来自霍乱流行区细菌性食物中毒，有霍乱患者接触史，常先腹泻后呕吐，呕吐腹泻严重。一般有无腹痛。可能会出现肌肉痉挛。大便培养有帮助。

(4）急性出血性坏死性肠炎：全身中毒症状严重，可能出现感染性休克。腹部阵发性或持续性绞痛，并有明显压痛、反跳痛和肌肉紧张等。腹膜刺激症状。大便可血样水样，粪便培养无病原菌生长，可通过临床表现和实验室检查鉴别。

(5）病毒性肠胃炎：患者无明显食用污染食物史，无短期集体病史。大便多为稀松或水样便，大便培养无病原菌。栽培有助于鉴别。

2、神经细菌性食物中毒

(1）河豚或毒菌中毒：可查出有食用河豚或毒菌史。河豚毒菌中毒也可引起神经麻痹细菌性食物中毒，但主要是四肢麻木和麻痹。肉毒中毒主要中毒为颅神经麻痹，肢体麻痹少见。

(2）脊髓灰质炎：多见于小儿，有发热、四肢疼痛、四肢麻痹。脑脊液检查可见蛋白及白细胞增多。可通过病史、脑脊液检查等鉴别.

(3）流行性乙型脑炎：发病有明显的季节性。每年7-9月有发热、抽搐、昏迷，脑脊液蛋白和白细胞增多。乙脑特异性IgM抗体阳性。可通过病史和特异性抗体试验鉴别。