继发感染和囊肿破裂是肝包虫囊肿最常见的并发症。约10％～30％肝包虫囊肿会继发细菌感染。一般认为是80％肝包虫囊肿与肝内胆管有明显或隐性交通瘘，致病菌随胆汁通过瘘管侵入囊肿而感染。临床上要注意肝脓肿的鉴别。腹腔炎症明显会导致原头瘤死亡，留下肉芽肿，但更常见的是原头瘤病存活，几年后发育成多个囊肿，称为腹腔继发性棘球瘤病。肝包虫囊肿进入腹腔引起的急腹症应与其他原因引起的急腹症区分开来。